医学教育研究所由学校早期医学教育研究室建立发展而来。1984年学校成立医学教育研究室，隶属教务处。主要开展教育教学研究；本科教育教学改革项目申报管理；各级教学成果奖申报、评审、孵化；编辑并出版《医学教育探索》。2009年，医学教育研究室划转至校办公室。2013年，医学教育研究室划转至新成立的教育改革和发展规划处，对接重庆市高等教育学会开展高等教育科学研究项目管理。2019年，学校机构调整，在原有医学教育研究室基础上成立医学教育研究所。

医学教育研究所为学校教学科研内设机构，主要负责开展医学教育科学研究工作；组织管理医学教育研究课题；指导各学院开展医学教育科学研究，帮助各学院培养研究人员和培育孵化医学教育研究成果；对接重庆市高等教育学会完成相关工作；跟踪国内外高等教育及高等医学教育发展改革动态，整理推送高等教育及高等医学教育信息资讯，编印《高教信息参考》；为学校医学教育改革发展提供决策咨询研究与服务等工作。

愿景和目标：聚焦医学教育研究所基本职能，密切跟踪国内外高等教育及高等医学教育改革发展动态，努力探索医学教育教学规律，拓展医学教育研究领域，培育教育教学改革创新成果，为学校医学教育改革及发展提供决策参考，推动实现学校医学人才培养质量全面提升，助力区域医药卫生事业高质量发展和健康中国战略全面实施。